Реакция организма на взаимодействие с естественными и прививочными антигенами в корне различна. За исключением клостридий, выработка токсина которыми приводит к столбняку, возбудители всех остальных «предотвращаемых прививками» болезней попадают в организм через слизистые оболочки дыхательной или пищеварительной системы. В ответ на вторжение возбудителей там начинается выработка иммуноглобулина A (IgA). Фактически те случаи болезни, которые мы наблюдаем, вряд ли составляют и 1 % от всех случаев инфицирования, скорее всего их намного меньше - возможно, в тысячи раз. Когда случается естественная болезнь, то помимо выработки IgA химические сигналы со слизистых оболочек запускают стройный «хор» иммунной системы, в результате чего иммунный ответ становится зрелым, а возникающий после болезни иммунитет - стойким, как правило пожизненным.

Естественные болезни, случающиеся у нормального здорового ребенка, помогают «отлаживать» и тренировать иммунную систему. Например, совсем недавнее крупное исследование показало, что у детей, посещающих детсады, а потому часто контактирующих с респираторными вирусами, на 30-40 % уменьшается риск заболевания острым лимфобластным лейкозом. Возбудители же, которые попадают в организм с прививкой, минуют слизистые оболочки и немедленно попадают в кровоток. Происходит именно то, что организм старается всячески предотвратить.